สภาอาจารย์มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ เริ่มก่อตั้งเมื่อวันที่ 22 กุมภาพันธ์ 2516 โดยมีศาสตราจารย์สัญญา ธรรมศักดิ์ ตำรงตำแหน่งอธิการบดี และศาสตราจารย์พระยาอรรถการีย์นิพนธ์ ดำรงตำแหน่งนายกสภามหาวิทยาลัย โดยได้ตราข้อบังคับฉบับแรกขึ้นเรียกว่า “ข้อบังคับมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ว่าด้วยสภาอาจารย์ พ.ศ.2516 โดยอาศัยอำนาจแห่งพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ พ.ศ.2495 โดยให้มีสภาอาจารย์ ประกอบด้วยกรรมการสองประเภท คือ

1.กรรมการซึ่งอาจารย์ในสังกัดของแต่ละคณะ เลือกตั้งจากอาจารย์ในคณะที่ตนสังกัด คณะละหนึ่งคน

2. กรรมการซึ่งอาจารย์ทั้งหมดของมหาวิทยาลัยร่วมกันเลือกตั้งจากอาจารย์ไม่ว่าจะสังกัดในคณะใด เป็นจำนวนสองเท่าของกรรมการในประเภทแรก

กรรมการมีวาระอยู่ในตำแหน่งคราวละสองปี และเฉพาะในวาระเริ่มแรก เมื่อครบกำหนดหนึ่งปีให้เปลี่ยนเฉพาะกรรมการตามข้อสอง เป็นจำนวนกึ่งหนึ่งโดยวิธีจับสลากออก แต่ให้ผู้ออกไปมีสิทธิได้รับการเลือกตั้งกลับเข้ามาอีก

สภาอาจารย์มีประธานหนึ่งคน รองประธานหนึ่งคน และเลขาธิการหนึ่งคน ซึ่งเลือกตั้งจากกรรมการสภาอาจารย์ โดยให้เลขาธิการมหาวิทยาลัยในสมัยนั้น เป็นเลขาธิการของสภาอาจารย์โดยตำแหน่ง

สภาอาจารย์มีฐานะ และหน้าที่ ดังนี้

1. ให้คำปรึกษา และเสนอแนะความเห็นแก่อธิการบดีในเรื่องต่าง ๆ ของมหาวิทยาลัย

2. เสนอแนะรายชื่อบุคคลที่เห็นสมควรเป็นอธิการบดีต่อนายกสภามหาวิทยาลัย

3. เป็นผู้แทนอาจารย์ทั้งมหาวิทยาลัย

4. หน้าที่อื่นที่อธิการบดีมอบหมาย

ต่อมามหาวิทยาลัยได้มีการปรับปรุงแก้ไขข้อบังคับมหาวิทยาลัยว่าด้วยสภาอาจารย์ พ.ศ.... อยู่ต่อมาเป็นระยะ ตามเหตุผล และความจำเป็นที่สอดคล้องกับสภาวการณ์ทางสังคม และการพัฒนามหาวิทยาลัย ปัจจุบันโครงสร้าง และการดำเนินงานของสภาอาจารย์มีการเปลี่ยนแปลงไปตามเหตุผลข้างต้น ปัจจุบันดำเนินงานโดยอาศัยข้อบังคับมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ว่าด้วยสภาอาจารย์ พ.ศ.2551 ภายใต้พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ พ.ศ.2531